Clinical Proteomics

  • 임상샘플 및 질환을 대표하는 cell line 등을 대상으로 iTRAQ, SILAC, TMT, label free 방법 등을 이용하여 total protein을 identification 및 quantification 하고 마커 후보군을 선정
  • 현 실험실의 보유 임상 샘플은 IRB 승인을 받은 Diabetic retinopathy, Diabetic nephropathy, Pancreatic cancer, Bile duct cancer, Lung cancer, Liver cancer 환자의 tissue, plasma, serum, urine, bile duct 임
  • Triple quadrupole LC-MS/MS의 MRM mode 방법으로 대량 샘플에서의 biomarker 후보군을 검증
  • 기존의 임상 진단에서 사용되는 단일 마커는 낮은 sensitivity 또는 specificity의 문제점이 있음 이를 극복하기 위해 여러 biomarker들의 조합을 통해 단일 마커의 단점을 극복하기 위한 연구를 수행
  • Multiplex SRM과 multivariate analysis의 결합을 통해 serum이나 plasma로부터 biomarker panel을 상대 정량하고 discriminant modeling을 통해 정상 대조군과 질병군을 구분
  • 적용 알고리듬 : Logistic regression, Linear/quadratic discriminant analysis, Support vector machine, Random forest, CART
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